Toyota menawarkan beberapa tipe Agya sesuai kebutuhan masyarakat, berikut perbedaan antar varian Toyota Agya .
Pembeda, untuk Agya tipe E (terendah)
1. Dilengkapi fitur speedometer
2. 1 Din Audio CD/MP3/USB/Aux.
3. Rodanya menggunakan non-alloy berukuran 13 inchi.
Untuk tipe G dan TRD S, Agya dilengkapi
1. Fitur chrome A/C register,
2. Chrome list combination meter,
3. 2 Din Audio CD/MP3/USB/Aux, chrome parking brake knob dan chrome shift lever knob.
4. Tipe TRD S dan G juga dilengkapi electric outer mirror,
5. Desain chrome door outside handle dan side protective moulding,
6. Spoke alloy wheel 175/65 R14, headlamp, foglamp dengan aksesoris chrome.
6.TRD S juga memiliki tampil lebih sporty khususnya bagian eksterior dengan penambahan spoiler, aerokit depan, belakang, samping, emblem dan sticker TRD-S.